宋绍兴七年（公元一一三七年），青了（真歇）禅师初建江心寺；
唐懿宗咸通七年建成东塔，唐咸通十年建成东塔院即普寂禅院；
宋开宝二年建成西塔及西塔苑即净信讲寺；
南宋建炎四年（公元一一三零年），宋高宗赵构为避乱，曾南渡驻跸于普寂禅院；
翌年，高宗再度登基，于绍兴七年书诏青了禅师合并东西两屿，于上建中川寺，高宗赐号江心寺；又改普寂禅院为龙翔寺，改净信讲寺为兴庆寺，三寺合一，由江心寺统一管理；
解放初期，龙翔寺被改作温州烈士纪念馆，兴庆寺被改作温州博物馆；
一九五二年，党和政府为保护历史古迹，对年久失修的江心寺进行修复，邀请寂山和尚担任住持，恢复僧团，领众熏修。现在的天王殿为当时所修建；
经文化大革命的十年浩劫，江心寺又遭严重破坏，寺内所有珍贵文物散失无遗；
一九八三年，国务院确定江心寺为全国142个重点开放寺院之一。并在木鱼法师的住持下对多处殿堂进行修葺，成为庄严的寺院，并对外开放。
二零零六年五月六日，木鱼老和尚高风亮节，主动退居让贤， 并推举智明法师担任江心寺方丈至今。智明大和尚自担任方丈以来，抓道风、抓学习，并对寺院在原有的基础上进行扩建而发扬光大。